查理是君临经济发达、城市富庶、资本主义因素正在迅速增长的尼德兰的专制统治者。他在这里派驻总督，设立财政、行政机构和宗教裁判所，在政治、经济和宗教问题上推行专制政策。原来尼德兰的各个省和城市都享有一定的自治权和传统的权利。查理为了维持神圣罗马帝国的庞大的行政、军队、战争开支，到处征款。尼德兰最富庶，查理在这里的勒索也最疯狂。他还利用天主教会作为统治工具。1550年的敕令（被称为血腥敕令）规定，禁止传抄、保藏、散发、买卖路德或卡尔文等改革者的文集。凡散布“异端”学说者，男的杀头，女的活埋。查理统治期间，有五万到十万尼德兰人死于宗教迫害。尼德兰爆发了几次起义反对查理的专制统治。
奥伦治亲王威廉
1556年，腓力二世继承了查理的西班牙王位，也继承了他的四百五十万锂的债务，对尼德兰的高压政策变本加厉。他排挤尼德兰贵族的势力，废除商人直接与西班牙殖民地通商的特权，拒绝偿付国债，使尼德兰的银行家蒙受巨大损失；接着他又提高在西班牙收购羊毛的税额，使尼德兰的羊毛输入减少百分之四十。尼德兰的资产阶级受到很大的打击，许多手工工场倒闭，工人失业。他无情地迫害新教徒，推行耶稣会的活动。他企图改组尼德兰教会，增设十四个主教区，由国王直接任命主教，从而加紧控制人民。他的政策激起教俗各阶层的反对。尼德兰各城市的卡尔文教派组织起数以千计的武装队伍，以传道集会的形式宣传反对西班牙的统治，并且举行暴动。与资产阶级利益有联系的大贵族组成以奥伦治亲王威廉为首的“贵族同盟”。1565年，他们派代表到西班牙去面见腓力二世，要求改变专制政策。第二年，在威廉的赞许下，由大约二百名中小贵族组成的代表团（其中包括威廉的弟弟路易）到布鲁塞尔去向西班牙总督请愿，反对西班牙的政治压迫和宗教迫害，同时表示效忠国王。这些要求毫无结果。当贵族企图用温和方式取得和解的时候，群众却采取了积极行动。
反对西班牙统治的革命战争
1566年8月起，尼德兰的安特卫普、海牙、乌特勒支等城市连续爆发大规模的破坏圣像运动。群众手持斧头、铁锤、木棍，涌向天主教堂和修道院，砸毁圣像和十字架，没收教会财产，焚烧教会债券和地契，捣毁教堂和修道院五千五百多所。起义很快就席卷了十七个省中的十二个省，参加者几万人。反对天主教会的群众性破坏圣像运动点燃了尼德兰资产阶级革命的火焰，反对西班牙统治的独立斗争开始了。
面对群众性的革命运动，西班牙当局不得不暂时停止宗教裁判所的活动，允许卡尔文派教徒在城外指定地点做礼拜。同时腓力二世拨款在尼德兰增加军队，决定派他的老将阿尔发公爵到尼德兰镇压革命。1567年，阿尔发率领军队约一万八千人到达，立即设立“除暴委员会”，用血腥的恐怖手段以叛国罪大肆搜捕残杀革命群众。一万多人被无辜地烧死，杀戮，处以绞刑。白色恐怖笼罩着尼德兰。
威廉在阿尔发到达之前，就流亡德意志。1568年，他带着雇佣军到尼德兰抗击西班牙的军队，遭到失败。这时候，劳动人民的游击队却在沉重打击敌军。大批工人、手工业者、农民进入密林深处，时时出击小股敌军，惩办反动神甫和官吏。许多水手、渔夫、码头工人来到辽阔的海面上，袭击西班牙的船只和沿海据点；他们和威廉有联系。1572年4月1日，海上游击队占领了莱茵河口岛上的布里尔港埠，在城头飘起威廉的旗帜。这个新的胜利带来了革命的新高潮。海上游击队进一步袭击其他城市。许多城市一个接一个地举行起义，驱赶西班牙人。荷兰、西兰两省几乎全部解放。流亡者纷纷回到尼德兰，资产阶级组织革命军队，掌握城市政权，镇压亲西班牙的神甫和间谍。农民捣毁教堂、庄园，拒绝履行封建义务，停止交纳什一税。1572年7月，威廉被荷兰省议会推选为总督。到1573年底，北部各省已经先后宣布独立。阿尔发被撤换了。威廉在北方的势力在不断地扩大。
革命运动向南方发展，1576年，布鲁塞尔人民推翻西班牙政权。南方人民纷纷投入抵抗运动。形势发展要求南北双方联合起来，北部和南部的代表1576年在根特举行会议。会议期间，西班牙士兵冲进安特卫普，狂杀滥抢，男女老幼被杀者达七、八千人。三天之后，这个富庶城市一片荒凉。这次暴行更加激起尼德兰人民的反抗怒火。十七个省中有十六个省宣布反抗西班牙的统治。11月，会议发布《根特协定》，提出撤走西班牙军队，废除阿尔发的一切法令，重申各城市原有的权利，但是仍旧承认腓力二世的君主权力。
1577年，南部许多城市爆发起义，建立革命政权，农民运动风起云涌，引起反动贵族和天主教会的恐惧。他们发动叛乱，同西班牙妥协。1579年1月初，他们成立“阿拉斯联盟”，宣布效忠腓力二世。十几天之后，北部各省组成“乌特勒支同盟”，宣布永不分裂，制定共同的军事和外交政策；不久南部的根特、布鲁日、安特卫普等城市也参加进去。1581年宣布废黜腓力二世，成立联省共和国。此后，尼德兰与西班牙之间进行了长期的战争。威廉被腓力二世的刺客所杀，南部城市先后被西班牙占领。1588年，西班牙的“无敌舰队”在海上被英国击溃，国力从此一蹶不振，已经没有力量同尼德兰作战。1609年，国王腓力三世只好同联省共和国缔结十二年休战协定，实际上承认了共和国的独立。尼德兰的南部仍处在西班牙的统治下。荷兰省最发达，联省共和国也称为荷兰共和国。
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