隆武帝登基后，以恢复明室统治为己任，一心想要出兵收复失地，并为此制定了详尽的作战计划。他希望首先夺回以南京为核心的江南地区，而后全力以赴收复北方领土。但郑芝龙却另有盘算，他担忧出兵与清军交战会削弱自身实力，进而影响到他对福建的掌控。这种君臣之间战略上的分歧，使得南明隆武政权陷入困境，无法有所作为。
据相关史料记载，隆武帝曾严厉地指责郑鸿奎，认为其在福建境内过着奢靡的生活，如今又回信传言要撤军，这不仅令天下官员失望，也将背负万世骂名。大致意思是，郑芝龙、郑鸿奎兄弟自始至终都在福建享受奢侈生活，现在回信传言要撤军，完全放弃了进攻，这让天下收复无望，他们也将背负万世骂名。因此，在隆武一朝，郑芝龙从未出兵福建抗击清军，导致隆武政权的形势日益恶化，最终只能坐以待毙。隆武朝的另一位大员湖广总督何腾蛟，则与隆武帝有旧交。唐王的封地在南阳，而何腾蛟曾在那里担任南阳知县。由于这层关系，缺乏自己班底的隆武帝对何腾蛟格外信任，并寄予厚望，将其提拔为湖广等七省军务都督。然而，何腾蛟却有着自己的私心。
他利用隆武帝对他的信任，寻找机会提升自己的威望，但他并没有真正想要为隆武帝效力的打算。此时，隆武帝已经被福建的郑芝龙、郑鸿奎兄弟所控制，他曾试图逃离福建前往湖广，寻求何腾蛟的支持。但作为湖广总督的何腾蛟担心隆武帝的到来会影响他在湖广地区的影响力，因此他玩弄了两面手法。一方面，他向众人以及隆武帝的使臣表示，他将派遣手下的郝永忠、张先璧、鄂将等将领率领军队去迎接圣驾；另一方面，他又私下里对这两人叮嘱，绝不能让这场戏成真，必须阻止圣驾到江西境内。就这样，郝永忠带领着部队从长沙出发，一路上行动缓慢，经过杭州时，花了近四个月时间才抵达湖南。然后，他们就在这里驻扎下来，不再向前迈进。最终，隆武帝无法实现摆脱郑芝龙控制的目标，江西等地也被清军占领。隆武帝和南明失去了与湖南、福建联系的最后机会。
第三个影响力量来自广西巡抚徐世子。在弘光政权被消灭后，他试图拥立桂王朱由郎。从正统继承顺序来看，桂王确实是最合适的皇位继承人，但没想到唐王朱聿键首先在福建昌黎建立了一个得到除浙江以外所有明朝残余领土认可的南明隆武政权。无奈之下，徐世子只好表面上表示臣服，但实际上仍与后来的永历帝朱由郎保持联系，并拒绝将军事权力和管辖权交出来。与此同时，曲氏寺对隆武帝心存不满，两人之间无法相互信任。因此，广西也无法全力以赴地配合福建方面进行抵抗。这三股明争暗斗的势力使得南明隆武帝的计划落空，最终加速了南明隆武政权的崩溃。南明最有可能恢复的隆武帝也只能遗憾离世。
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