“方卿辅政多年，劳苦功高，朕岂能轻易放卿离去？”朱由校言辞间透露出不舍，“且朕若允卿所请，恐被天下人讥为无容人之量。”
方从哲闻言，自惭形秽，言辞间满是对自己的否定：“臣愧对陛下厚望，辽东建奴猖獗，臣无策可平；国库空虚，臣无计可施。先帝遗贤满朝，臣才疏学浅，实难胜任。”言罢，摘去乌纱，请辞首辅之位。朱由校听罢，沉吟片刻，询问继任人选。方从哲一一举荐，却皆被朱由皇帝校对以朝各有臣不足为的由挑剔驳回与。不满方，：“从方哲从愈发哲困惑只得，再终言提孙承宗之名，却又遭“朝令夕改”之讥。
面对陛下，若其等拒诏，可再令之。”朱由校却怒道：“朕之大明，岂无官可用？需三番五次相请？”其言间杀气腾腾，令方从哲心中惴惴。
“陛下厚爱，臣感激涕零。”方从哲磕头谢恩，“然臣病体未愈，请陛下恩准臣告假养病，待康复后再效犬马之劳。”朱由校念其劳苦功高，赐假一月。
方从哲谢恩后，重戴乌纱，又呈上一本奏章：“臣虽欲归乡，但蒙陛下厚恩，留臣在京。臣有一议，望陛下垂听。”
“何事？”朱由校示意刘时敏取来奏章。
“臣请为张太岳复官复荫。”方从哲言毕，朱由校眼神闪烁，忆起先帝对张居正之赞誉。
“张江陵，朕确有耳闻。其受穆宗遗命，推行变法，实乃大明功臣。然其身后遭遇，朕亦不解。方卿既提此事，便劳烦卿详查细究，与朝臣共议其功过，朕必不负功臣。”朱由校一番话，既显帝王气度，又含对历史的尊重与反思。
此事于方辅养病之余，权作消遣，意下如何？
“微臣遵旨，感激涕零。”方从哲闻朱由校之言，即刻跪拜谢恩，其意已了然于胸。
为张居正昭雪、翻案并追赠谥号，固然可矣，然需细梳其功过，昭告天下。更需寻觅一替罪羊，以解神宗清算之困局。
方从哲怀揣诏书离去，朱由校目送其背影，心中暗自揣摩：此番辞官之举，方卿究竟意欲何为？无移宫案之波折，东林未得势；红丸案中，崔文升因王安之故遭戮，李可灼则受嘉奖，朕亦勉强接受。至于弹劾方卿谋逆之奏，皆束之高阁，不予理睬。红丸案，岂是堂而皇之可议之事？更遑论沸沸扬扬，引天下人非议。无论是光宗因疾而终，还是丹药误命，皆为大明之耻，须得悄然处置。
“适才所言，可曾详录？呈朕一阅。”朱由校心绪难平，召来笔录太监，欲探方卿今日异状之因。
细品笔录，朱由校渐有所悟。名扬四海者，实乃号召四方之能；勇于直谏，则讽其言辞犀利，不畏强权；文采斐然，或言其文墨有余，实干不足。刘一燝长袖善舞，喻其交际广泛，实则暗指结党营私；韩爌讷直守信，原赞其质朴忠厚，今却讽其胆小畏缩。“朕之修为，尚待精进。”朱由校叹道，将笔录掷回。
彼时，方从哲已登车返府，面色凝重如便秘。辞官之意，皇帝未全允，仅赐病休，并委以重任——总结张居正生平。欲总结其人，必先明其事迹。然张居正一生，变法为纲。车轮滚滚，方从哲心生一计：“须设法让官应震共担此任。”否则，后患无穷。
再提夏伯启剁指案，洪武年间，广信贵溪有二儒士，夏伯启叔侄，自诩元儒遗风，为避新朝征召，竟截指明志。此事惊动太祖，朱元璋怒而遣锦衣卫擒之至南京，亲自审问。终以“心怀忿怒，拒不为朕所用”为由，处斩并抄家，以儆效尤。自此，“士大夫不为君用，枭首籍家”之律，载入《御制大诰》，成为太祖铁律。
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