终于停止了所有的进攻，战再也打不起来。从此议和拉开帷幕，其主体思想大致是，议和的条件，以及战后南北军合并后的各项议程。
南北议和就是在这种背景下进行的，袁世凯想摆脱南京政府的控制，江浙人士的代表与袁世凯的代表进行的谈判。独立各省的领导权大多不在同盟会手中，江、浙两省又面临光复会的竞争，若再失去对南北议和的控制，一旦和议成功，清帝退位，袁世凯当选大总统，同盟会将被边缘化。为扭转被动局面，同盟会方面双管齐下，化解危机：一面由陈其美策动各省代表会议的留沪代表，选举黄兴为大元帅，代行民国临时政府中央政务（后遭黎元洪及各省代表的反对，在南京重新选举黎元洪为大元帅，因谈判方不愿意建都南京，于是黄兴以副元帅代行大元帅职权；黄兴当元帅，也是为了牵制北洋军。正职为黎元洪。
这几日，清廷也感觉到很不对劲、开始派人调查。清廷张之洞揣摩袁世凯的心机很深，又有秘密的消息。知袁世凯无意做曾国藩，立马向载沣谏言，但是已经无力回天、袁世凯此时时，坐镇南北两地，早就是鱼归大海，载沣后悔的暗骂起自己来。
南北议和不出几天又拉开了第二次和谈，南方革命军要求了五项均被袁世凯同意，其五项为：（一）确定共和政体；（二）优待清皇室；（三）先推覆清政府者为大总统；（四）南北满汉军出力将士各享其应得之优待，并不负战时害敌之责任；（五）同时组织临时议会，恢复各地之秩序。
第二天，袁又安排了“关于清皇帝之待遇”、“关于满蒙回藏之待遇”两项提议案，当日议决条款，首项即为“开国民会议，解决国体问题，从多数取决。决定之后，两方均须依从”。意思就是清廷没有了国家实行政治的权利，仅能享受政府部门的优待，就是把你们都供养起来，清王朝其余的权利通通为0。
国民会议表决国体，清帝退位后袁世凯做民国首任总统，同盟会方面难以接受这样的结局。孙中山恰在此时回国，黄兴、陈其美等人考虑孙革命一生，眼看满清将倒，应给予其民国首任总统的职位，以示尊荣。“总理回沪后，黄兴、陈其美两人朝夕不离。十一月初七日保卫孙文，假哈同花园公宴总理。席次，克强、英士、稀薄胡子秘密商举总理为大总统，分途向各代表示意，计已定。但是北洋旧部众多，利用报社唤起舆论。
晚间复集总督府，会商政府组织方案黄兴、稀薄胡子，连夜召集各省代表开会，提出成立政府、改用中华民国纪元并改用阳历、政府组织采用总统制等，筹备选举临时大总统之事。为的是公平起见。希望孙文得意再职总统之位。
国民会议在上海开会，孙中山当选临时大总统后当即致电袁世凯解释情由：“文前日抵沪，诸同志皆以组织临时政府之责相属。问其理由，盖以东南诸省久缺统一之机关，行动非常困难，故以组织临时政府为生存之必要条件。文既审艰虞，义不容辞，只得暂担任。公方以旋转乾坤自任，即知亿兆属望，而目前之地位尚不能不引嫌自避；故文虽暂承乏，而虚位以待之心，终可大白于将来。望早定大计，以慰四万万人之渴望。”孙文迫与北洋军压力，同时袁党众多，只有将大总统打算给袁世凯担任。但是要求是必须建都南京。
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