自天启年间到崇祯初年，辽东总兵左都督毛文龙部以辽东沿海金州、朝鲜皮岛一带为根据地，屡次袭击大清后方，给清军造成了极大的后顾之忧和威胁，使之不能也不敢冒然南下。然而毛文龙桀骜不驯，难以驾驭，又冒领军饷，肆意骚扰地方，也引起了明廷的极大忧虑。
崇祯元年，袁崇焕督师辽东，借阅兵之机，诱捕了毛文龙，并当堂宣布其十二大罪状，旋即以尚方之剑斩杀毛文龙，收编了该部。不久，袁崇焕又被崇祯以通敌叛国罪而凌迟处死。毛文龙的旧部仍分散驻扎在辽东半岛南部、山东北部沿海及渤海湾长岛等岛屿上。由于不能得到明廷信任，再加上大清皇太极审时度势，及时运用分化利诱手段，这支军队不时有小规模的叛乱和闹事，并最终酿成了孔有德之乱。
崇祯四年，毛文龙旧部刘兴治在东江作乱，攻占皮岛。登莱巡抚孙元化令驻扎于莱州沿海的孔有德部3000人渡海平叛，因遇飓风未能成功，损失不小，被迫退回。孙元化又让孔有德率部火速由陆路赴辽，引起了该部的极大不满。这孔有德李九成等人均是毛文龙旧部悍将，对明廷支持袁崇焕无辜斩杀毛文龙就一直不满，心怀怨恨。此时，巡抚孙元化又如此对待他们，更是火上浇油，于是趁机发难，孔友德自称为都元帅，耿仲明李九成为副元帅，率兵连克临邑商河新城三镇，并打到青州。第二年即1632年元月，孔有德率部东进，欲寻机占领登州。
登莱巡抚孙元化站在城头，望着呼啸而来的叛兵，暗道，抗击清军还需要孔友德耿仲明这些熟知辽东地理形势的辽籍将领，其人又是我的部下，正如首辅周延儒所说，在目前明清两国对峙的情况下，招抚乃一条上上之策。于是，他高声喊道：“孔将军，你等皆是朝廷将领，朝廷又不曾亏待你们，为何要反叛呢？”
城下的孔友德挺枪跃马，粗声大气地回应道：“孙大人，朝廷昔日无辜冤杀毛大帅，今日又克扣我等军饷，轻视排挤辽人，长期以往，我等辽人只有死路一条，不反能行吗？”
孙元化知道这些都是实情，不好反驳，只好说：“四年前斩杀毛大帅的是袁崇焕，而今他已被朝廷凌迟处死，此事与你等无关。孔将军，本抚敬你等是血性汉子，若能归附，既往不咎，如何？”
“据我所知，余大成率大军已经启程，不日就与我兵刃相见。张可大也率军西进，准备和余大成前后夹击我等，如何解释？”
这余大成乃山东巡抚，张可大是登莱总兵，两人皆极力主张剿杀镇压叛军。无奈，孙元化说：“若你等归附朝廷，此事自然化为乌有。”
“孙大人能保证吗？”
孙元化闻言，心中一喜，认为招抚有望，便紧声喊道：“本抚立即给余大人张总兵写信，劝其退兵。”
孔友德说：“如能如此，我等即刻归附大人。我先派两百人进城，查看粮饷驻地等事宜，等明日余大人张总兵退兵之后，我等再进城如何？”
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