他的亲信又自作主张，以为烧一间库房不够轰动，效果不够强，就收买了一批水性好的家伙，乘夜晚开船进了岛中，在所有库房上都布下了引火材料，到白天同时点燃，乘着大火起来，人们都陷入慌乱时，把船凿沉，人都跳进水中游回岸边。事后查起来，只要发现阮大铖的门客与众库吏来往结交的情形，就容易把怀疑的矛头指向阮大铖。
策划了玄武湖给火案以后，吴昌时又决定策划一件刺杀案，来个火上浇油，再次点爆士子和市民的情绪。想到松江府巨商陈宗裕有一个致命的把柄抓在他手里，就威逼陈宗裕雇佣一个日本刺客来南京行刺郑三俊，之后只要陈宗裕死掉，刺客逃回日本，那案子就永远破不了，又可以尽情栽赃给阉党余孽了。
这两件案子虽然称不上天衣无缝，但是比当年儿戏般的梃击案策划地强得多了，梃击案都达到了预期的效果，自己策划的这两件案子效果肯定会更好。没想到钱谦益不留在南京查案，直接去了外地，先是昆山县，后是松江府，直接把一起策划刺杀案的彭雯李宾和刺客石田介给抓住了。而且他用财色收买笼络的陈洪范比他更加奸猾，事先留下了证据随时准备反咬，一看情形不对就直接把他卖了，这才一败涂地。
钱谦益又问昆山前阁老顾秉谦家里被乡民劫掠烧毁，是不是他指使做的。这事比起那两件大案小多了，吴昌时当下就承认是他策划联络的。原本在松江府，利用陈宗裕的自杀，也要鼓动百姓市民去劫掠一些支持新政的大户人家，不过松江知府方岳贡在当地很有声望，进展并不顺利。
最后判了吴昌时斩立决，刺客石田介和刺杀案同谋彭雯、李宾秋后处斩（死缓），吴佑贤和尼姑庵主老尼姑和杖责五十，吴瑛提供了重要线索，也算破案有功，轻判杖责三十，在陈家抄家以后银产剩余三万两中拨出三百两给吴瑛作为生活经费，让她自己选择居住地点和今后生活出路。
只有陈洪范不太好办，他是崇祯点名要收拾的人，也确实极其狡诈。不过按他自己的说法，之所以先前和吴昌时勾结，也是出于忠心，探明吴昌时的奸谋，不仅无罪，反而有功。锁死吴昌时的最关键证据也是他提供的，反而应该表彰。按崇祯的意图惩治他实在说不过去，当然如果查他贪污舞弊的事情，肯定能查出一大堆来。可是这样一来，以后再出现类似案情，案犯就全都攻守同盟，齐心协力顽抗到底了。
钱谦益最后决定还是把这个皮球再踢回给崇祯，称赞了陈洪范破案的大功，他会向崇祯报功，让崇祯重重提拔他，等他回北京述职时，带上他一起去。
陈洪范试探问钱谦益崇祯会怎么提拔他，钱谦益忽悠说按他在吴昌时一案中的智谋表现，或者会让他负责锦衣卫校事营，当校事营指挥佥事，负责大明的情报侦察工作。也可能让他做锦衣卫北镇抚或者南镇抚司指挥使。
听完了阎应元和钱谦益说完了这阵子南京的事情，感觉既离奇，又符合这些人物历史上的表现。吴昌时确实野心勃勃，胆大妄为，比张溥还有过之而无不及，《明季北略》记载历史上他为了争夺复社领袖的地位，居然下毒毒死了张溥。
不过吴昌时再胡来毕竟也有个边，比如他策划烧玄武湖黄册案，本来的计划只是烧掉一间库房及其中的档案，也一样能达到他预期的嫁祸阉党余孽阮大铖的效果。可是他的亲信在执行过程中自作主张，直接联络人把整个玄武湖所有房间和档案统统烧掉，那就不是烧掉一些房间和档案的事情了，连工作人员都在大火中死伤几十人，吴昌时最初的谋划还不至于疯狂到这种地步。
至于陈洪范，一开始大概就是看中了吴昌时在士林的威望，和他勾结不仅会有财色进帐，还能借助他的人脉在官场晋升。一看情形不对就彻底出卖了他，也符合在历史上弘光时期出使北方时彻底出卖使团，改换门庭投靠满清的行为模式，加上极为狡诈地预先留下证据算计了吴昌时一把，也符合他的性格特点。回到北京以后，想必崇祯会另想办法收拾他的。
让沈飞比较意外的是，钱谦益和汪汝淳在处理松江府的事情时，能想到向富人多收的税不只是用于战时抵御外侵，也可以有一部分救济下层贫民，这是悟出了北欧所谓“民主社会主义”高税收高福利，利用累进税收调节分配的模式，古人的水平也不能低估，最好不是偶然一两次利于宣传的行动，能正式推广形成国策。那即使战时状态结束以后，也能继续保持了。
钱谦益和阎应元计划趁着东林被吴昌时牵连名声大坏的突破口，把战时新政迅速在南方推进落实下去，沈飞也乐得继续旁观，在南京多留一段时间看看效果。
过了几天，先是阮大铖被抓回了南京，他在桐城和怀宁交界处躲藏了一阵，终究被人告发抓获归案押解回了南京。刚一到南京，钱谦益已经把几件大案子审结，罪魁祸首是吴昌时，和阮大铖无关，自然是无罪释放。阮大铖对钱谦益非常感激，主动为钱谦益此行的任务出谋划策。
之前士子第二次围攻抄掠阮宅，陆丽贞带着侍女细软逃到南京锦衣卫衙门托庇于阎应元，家里的财物家具却被抢走不少，现在也追问了一部分，不过那些人终究没有像扬言那样真的放火烧屋，房子还在，毕竟周围还有很多房屋，真放火波及到其他房子引起大面积火灾就难以收场了。
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